2019年12月以来，湖北省武汉市发现多起病毒性肺炎病例，诊断结果均为病毒性肺炎/肺部感染；最早发现的该肺炎病例大部分为华南海鲜城经营户。2020年1月5日，武汉市卫健委通报，导致本次肺炎原因不是流感、禽流感、腺病毒、传染性非典型肺炎（SARS）和中东呼吸综合征（MERS）等呼吸道病原。

1月7日，电镜观察发现该病毒呈现典型的冠状病毒形态。1月12日，世界卫生组织正式将该新型冠状病毒命名为2019 新型冠状病毒 ( 2019-nCoV )。自1月18日到19日，武汉两日确诊136个感染病例，此后在多个省份相继报告确诊病例。截至1月31日24时，累计报告确诊病例11791例（江西省、陕西省、甘肃省各核减1例），累计死亡病例259例，累计治愈出院病例243例，共有疑似病例17988例。

1月10日，新型冠状病毒2019-nCoV 的基因组序列被破解，基因组全长约29903个核苷酸。后续多家单位发布了多个新型冠状病毒基因组序列，这为研究2019-nCoV的进化、来源和致病病理机制、以及检测试剂盒迅速开发提供了强有力的基础资料。1月21日，《中国科学》杂志发表论文指出2019-nCoV和SARS都是病毒亚组β冠状病毒的一部分，研究发现与血管紧张素转化酶II（ACE2）蛋白结合的5个关键氨基酸中有4个发生了变化，但变化后的氨基酸却在整体性上完美的维持了SARS病毒S-蛋白与ACE2蛋白互作的原结构构象，研究还指出蝙蝠可能为中间宿主。

1月23日，石正丽等人从疫情早期的5位患者中分析获得了几乎完全相同新型冠状病毒nCoV-2019的全基因组序列，分析发现该序列和SARS冠状病毒有79.5%的一致性；基因组比较发现该序列和云南中菊头蝠中的冠状病毒RaTG13具有96.2%的一致性，该研究推测云南中菊头蝠可能为自然宿主。1月30日，《柳叶刀》发表标题为Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding的文章，指出2019-nCov受体结合域中的几个关键氨基酸残基是可变的，研究者还在β冠状病毒下Sarbecovirus亚型中检测到复杂的重组事件；进一步的比较分析发现：2019-nCov与浙江舟山采集到的两种蝙蝠bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21的冠状病毒的相似达88%。

钟南山院士表示新型肺炎暂无特效药；高福院士也指出针对新型肺炎特异性药物暂时没有，一些在治疗SARS及其他冠状病毒显现出一定疗效的药物可能有效，但药物的测试需要时间。目前相关研究已经发现了一些可能治疗2019-nCoV冠状病毒导致肺炎的具有前景的药物。1月23日，被感染新型肺炎的北大第一医院呼吸和危重症医学科主任王广发指出，药物名为“洛匹那韦利托那韦片”的一种抗艾滋病药物对自己很有效！”